1993年至1998年，三星村遺址進行了首次發(fā)掘，出土文物4000余件，入選“1998年全國十大考古新發(fā)現(xiàn)”。2006年，三星村遺址被列為全國重點文物保護單位。

現(xiàn)場負責此次考古發(fā)掘工作的中國社會科學院考古研究所副研究員李默然介紹，三星村遺址總面積達35萬平方米，是一座新石器時代的文化遺址，距今約6500年至5500年。第二次考古發(fā)掘批準發(fā)掘面積為800平方米，包括遺址的居住場所、墓葬區(qū)等，計劃于今年底完成發(fā)掘工作。

第一次考古發(fā)掘中，三星村遺址發(fā)掘面積為500多平方米，清理新石器時代的墓葬達1000多座，獲得1200余具人體骨骼，其中完整頭顱骨有200多個，這在長江下游地區(qū)同時代遺址中較為罕見。金壇區(qū)已聯(lián)合中國科學院古脊椎動物與古人類研究所正在研究出土人骨DNA。

第一次考古發(fā)掘中，三星村遺址還發(fā)現(xiàn)了大量玉器、石器、陶器、骨器以及碳化稻。其中，已被定為國家一級文物的云雷紋豆和帶骨瑁、骨鐓的石鉞，分別將云雷紋、“權杖式”石鉞出現(xiàn)歷史向前大幅推進。

李默然介紹，三星村遺址面積較大，人口較多，墓葬隨葬品數(shù)量和等級存在較大差異，遺址內居住場所、手工業(yè)生產場所、墓葬區(qū)規(guī)劃明顯，表明當時的社會已經初現(xiàn)復雜化，可能正處于一個從平等社會到不平等社會的轉變期，對于文明探源和補充完善長江下游考古學文化譜系具有重要價值。第二次發(fā)掘有望對遺址聚落布局有更深的了解，有望對當時人們生活場景進行全景復原。